概念的提出
2000年，美国斯坦福大学Perou和Sorlie等采用基因芯片技术（cDNA microarray），根据基因表达谱（gene expressing profiling）的差异并利用聚类分析方法，首次将乳腺癌分为4个分子亚型：腔面型、HER-2过表达型、基底样型（BLBC）和正常乳腺样型。2001年，Sorlie等进一步将多组基因芯片数据进行比较，分析基因表达谱差异将乳腺癌分为5种分子亚型：腔面A型（luminal A）、腔面B/C型（luminal B/C）、HER-2过表达型、基底样型和正常乳腺样型。2003年，Sorlie等在原有基础上增加38例进展期乳腺癌样本的分析，最终将乳腺癌分为4种亚型：腔面A型、腔面B型、HER-2过表达型和基底样型。从而使乳腺癌的分类由传统的形态学分类转变为分子学分类。不同的亚型其预后明显不同，而产生预后差异的主要原因是各亚型不同的生物学本质，其中基底样型及HER-2过表达型患者预后差。
但由于上述基因芯片技术费用昂贵，对组织标本质量要求较高，操作过程复杂，难以在临床上常规应用。各分型分别与根据免疫组化（immunohisto-chemistry，IHC）区分的病理分型基本对应，而基底样型与ER、PR、HER-2均阴性的三阴性乳腺癌相对应，两者在临床和病理上有许多共同之处，临床上常常通用。两者概念高度重叠，但不能相互替代，两者并非完全等同。
三阴性乳腺癌的诊断
三阴性乳腺癌定义：ER、PR按Allred Score评分为1～2分（免疫组化），HER-2为0～+（免疫组化）或原位免疫荧光杂交（FISH）/银染色原位杂交（SISH）/显色原位杂交（CISH）阴性。上述定义中最重要的诊断标准是免疫组化检测，尤其是ER和PR的检测标准问题。由于目前没有统一的试剂盒和标准的检测方法，各地的检测结果存在差异。一项关于1 441例原先由各肿瘤诊治中心诊断为三阴性乳腺癌的标本经过西班牙中心实验室重新检测后比对的结果显示，有130例（9%）被证实不是三阴性乳腺癌，主要的差异是ER或PR（占71%）。另外，不同研究中三阴性乳腺癌的ER、PR阴性定义标准不一。对于不同含量（1%～10%）的ER、PR阴性是否影响预后，一项研究分析了1 257例三阴性乳腺癌的预后。根据ER、PR的含量分为<1%（897例）、1%～5%（241例）和6%～10%（119例）3组。结果3年无复发生存率（RFS）分别为64%、67%和77%（P = 0.34），3年总生存率（OS）分别为79%、81%和88%（P = 0.33），因此ER、PR 1%～10%定义为阴性可以接受。目前为大多数学者认同的是美国CAP Allred Score评分标准。
此外，浸润性乳腺癌中HER-2阴性的判断有FDA和ASCO/CAP两个标准，虽然这两个标准有一定差异，但实际不符合率很低。N9831回顾分析FDA标准与ASCO/CAP HER-2阳性指南的不符合率分别为免疫组化3.7%、FISH 1.4%、两项1.7%。直到2011年，St. Gallen专家共识仍然有78%的专家同意沿用FDA的标准判断HER-2阳性，即免疫组化10%细胞2+或FISH>2.0，反之为HER-2阴性。准确判断HER-2状态，应该在有很好技术资质的病理实验室进行。
