大规模表达序列标签测序技术
大规模表达序列标签（expressed sequence tag，EST）测序技术是以大规模cDNA测序为基础，即提取生物体的mRNA，进一步获得cDNA文库，挑选其中300～500bp部分（即EST）进行序列测定，然后通过生物信息学手段得到全长的基因序列。EST测序技术的应用范围很广，但多数以测序为核心，一般用来进行基于EST的基因克隆与基因表达分析。
基因组学的研究从结构基因组学过渡到功能基因组学，利用结构基因组学的研究数据，充分发挥EST测序技术的优势，将为大规模的基因识别、克隆和表达分析提供空前的动力，为功能基因组的研究提供广阔的空间。有人利用EST测序技术，在获得大量基因克隆的基础上对乳腺癌和癌旁组织的基因表达谱进行分析，将转录组和基因组变异整合分析，能够较系统地揭示基因组变异与转录组改变的关系，为进一步阐明这些基因组DNA拷贝数改变与其相应基因表达的相关性提供信息。
比较基因组杂交技术
比较基因组杂交技术（comparative genomic hybridization,CGH）是一种用于检测引起肿瘤局部染色体改变的DNA分析技术。不像用微卫星或Southern印迹分析等位基因的研究，这种技术所需的样本量远少于全部基因的0.1%。CGH还有一个显著优势就是可以检测所有的染色体臂。另外，CGH不依赖于自然发生的多肽现象，而那些以多肽现象为基础的技术会受限于其所研究肿瘤中每个基因座片段的纯合子等位基因。
微阵列技术
微阵列（microarray，或称基因芯片）包含已知和未定性基因中数以千计的基因片段。通过cDNA探针从肿瘤和指定样本（通常为正常组织）杂交到微阵列，可以在一个实验中检测数千种不同基因表达的水平，作为肿瘤鉴别的“指纹”。现较多应用的有cDNA微阵列和寡核苷酸微阵列等。
人们利用微阵列研究微卫星多态性，进而对肿瘤的基因组不稳定性进行检测。随着人类基因组序列的完成，开发了全基因组范围检测肿瘤细胞染色体异常的新型技术，如基于微阵列的CGH阵列，可以更详细地解析肿瘤基因组的异常。
