这里讲的胸腔镜是指由内科医生操作的设备较简单的普通胸腔镜，不包括由胸外科医生执行的电视辅助胸腔外科手术（VATS），其治疗上的应用有以下几方面。
自发性气胸
自发性气胸的常规治疗有卧床休息观察、胸腔穿刺抽气,胸腔气体闭塞引流等。但常规治疗，胸腔内气体完全吸收的时间较长，治愈后的自发气胸复发率高达28%o应用胸腔镜可在直视下清楚观察和检查气胸的原因，如肺大疱、胸膜下疱或支气管胸膜瘘等。发现漏气口可用生物粘合剂进行粘合，复发性气胸可经胸腔镜注入各种致胸膜粘连的药物，或将滑石粉均匀地吹散于病变处的胸膜表面，使胸膜粘连胸腔闭合。
日本武野良仁1973年始就经胸腔镜涂擦粘连剂于肺破口治疗自发性气胸，并不断改进方法，1988、1989年确定电凝后涂擦纤维蛋白胶( SPECT)法及改良的SPECT-Ⅱ法共治疗自发性气胸1143例，复发率17%.我国吴振雄(1992年)报告：用纤维支气管镜代替胸腔镜，在胸膜破口（漏气口）喷涂快速医用ZT胶（仪一氰基丙烯酸高级烷基酯）治疗6例顽固漏气的自发性气胸，结果术后7~48小时，6例均气胸消失患肺复张，平均治愈时间为218小时。
哪些自发性气胸患者需要进行胸腔镜治疗？西方国家有些医疗中心对所有自发气胸患者均进行胸腔镜检查以评定患者基础肺疾病情况和明确气胸原因，这种做法过于积极，因为大多数自发气胸患者用其他无创检查也可明确病因，并至少有500-/0的自发性气胸患者在第一次发作以后不经任何治疗而不再复发。Light认为应用胸腔镜的指征是：①吸引治疗7天后肺没有复张；②7天治疗后支气管胸膜瘘持续存在；③应用胸膜粘连法治疗后气胸又复发；④某些人的职业或特殊情况所要求，如飞机驾驶员、深水潜水员等。
胸腔镜治疗在临床应用上也有一定限度，对于严重心肺功能不全、广泛胸膜粘连和患有明显出凝血功能障碍者不宜施行。
恶性胸水
顽固性恶性胸水，经胸腔穿刺给药或胸导管闭式引流给药，若疗效不佳，可考虑胸腔镜（或以纤维支气管镜代替胸腔镜）用药，经胸腔镜给药有以下明显的好处：可通过胸腔镜观察胸膜表面，并可在直视下活检，从而显著提高尚无病理学证据的渗出性胸水的诊断准确性。如见胸腔有纤维粘连可用器械分离，电凝止血，然后将滑石粉或其他黏合剂均匀地喷洒到每一部位的胸膜表面。有时也可发现被纤维化的脏层胸膜紧紧包裹的所谓“陷闭肺”(trapped lung)，即可避免通常无效的硬化剂治疗尝试。国内凌春华等以纤维支气管镜代替胸腔镜治疗癌性胸水4例，取得满意疗效。
脓胸
脓胸渗出期时，积液稀薄，粘连尚未形成，此期可安放胸腔内导管引流。然而过了此期，积液变黏稠，多处粘连形成小脓腔，胸腔镜检查可做纤维样粘连的清创术，以便排出局限性液体，化脓性脓胸因黏滞度高难以导管引流出来时，经胸腔镜可将其吸引或冲洗出来。将腔内的积脓排，除后，还可分割粘连使小腔变成一大腔，放入引流管吸引和清创，以便让肺紧贴胸壁重新膨胀。脓胸的治疗应在粘连不紧，没有完全纤维化之前尽早开始。
Hutter等建议在胸腔镜检查清创和直视下分割小腔后，插入双管进行灌洗，直到液体清亮，培养阴性。此法可缩短住院时间，避免胸廓切开术。如果胸膜粘连已机化，“脓池”形成，则需手术切开脓胸。因此进行胸腔镜介入治疗的时机很重要，可以根据临床病史和CT检查结果判断。
