HFI为常染色体隐性遗传疾病，发病具有家族倾向，近亲结婚者的子女发病频率增高。本病临床表现极不均一，临床表现的严重性与摄食情况、年龄、教育和饮食习惯有关。摄入含果糖、蔗糖和山梨醇食品即引起急性发病。因为新生儿多喂甜食（特别是蔗糖），故HFI多在新生儿和婴幼儿期发病，而且易导致婴儿夭折。
果糖-诱发的低血糖不被胰高血糖素缓解
当婴儿摄入含果糖食品后可引起恶心、呕吐、腹痛、出汗、震颤、抽搐、神经精神症状和昏迷，这些症状与摄入果糖后引起的严重低血糖症有关。静脉推注1mg胰高血糖素后也不能使低血糖症状缓解，可在每次进食含果糖食品后诱发。在年龄较大的儿童，在多次发作后则对甜食厌恶，低血糖发作减少或停止。如果婴幼儿和儿童因病需静脉输注果糖或山梨醇而输注前不知患者患有HFI，则可引发致命的低血糖症而导致死亡。吃未成熟的水果（绿色水果）则不易引起低血糖发作，因为其中果糖含量较低。少数成年后才发病。由于患者长期拒食甜食，故龋齿发病率特别低。
低血糖症的另一个特点是禁食期间不发作，空腹的耐受性正常，而进食含果糖饮食后可引起严重的低血糖发作。
慢性腹泻是本病的重要表现
大约有1/3的肠易激综合征（irritable bowel syndrome）是由于果糖不耐受引起的。如果腹泻尚未导致小肠的器质性病变，限制果糖摄入后，患者的症状得到改善。果糖不耐受性腹泻（celiac disease）的表现多端，而多数经饮食控制有良好效果。少数出现顽固性腹泻（refractory coeliac disease），患者接受各种药物治疗，但效果不佳。肠绒毛萎缩后，即使饮食不含麦胶，仍然不能缓解腹泻，此时会理所当然地排除果糖不耐受性的诊断，而想到小肠易激综合征、肠道菌种失调、淋巴细胞性肠炎（lymphocytic colitis）、胶原性肠炎（collagenous colitis）、溃疡性空肠炎（ulcerative jejunitis）、蛋白丢失性肠病（protein-losing enteropathy）、T-细胞淋巴瘤、淋巴腺病变（lymphadenopathy）、热带性口炎性腹泻（tropical sprue）、Crohn病、自身免疫性肠病（autoimmune enteropathy）等可能，导致长期误诊。长期的顽固性腹泻患者往往伴有骨质疏松症。
慢性果糖中毒导致多器官损害
长期慢性摄入果糖食品可引起肝大、黄疸、出血、腹水、水肿，肝、肾衰竭和肾小管性酸中毒，儿童生长发育迟缓。即使剔除了饮食中的果糖，虽然可减少1-磷酸果糖在组织中堆积，但1，6-二磷酸果糖是糖原分解和糖异生的专一性中间代谢产物，不会因剔除饮食中果糖而被去除，而且使其转化减弱，故仍可有进行性肝脏损害。患者除肝大外，临床状况看来很好，但肝脏活检却显示有脂肪浸润、纤维组织增生和肝线粒体有明显异常。此外，因为果糖不耐受亦为家族性疾病，故当血尿酸升高时，很容易误诊为家族性高尿酸血症或痛风。
