多见于泌尿系和盆腔手术及其他的腺体手术、放疗或化疗。偶见于放射治疗所致的下丘脑-垂体损伤，部分表现为全垂体功能减退，部分表现有LH/FSH缺乏。放射线通过离子化正常与肿瘤细胞的DNA而发挥治疗作用。放射线破坏细胞DNA的空间结构或产生自由基，导致细胞死亡，离子化放射线也引起神经细胞和神经胶质细胞变性、脱髓鞘和死亡。
阴茎手术
用于Peyronie病治疗的皮片修复片（斑块切除后），可产生良好的整形效果，但术后阳痿发生率高达12%～100%，静脉瘘是手术后阳痿的器质性原因，其有效的矫治方法为背深静脉结扎。另外，一些阴茎弯曲的矫正手术也可以造成这种并发症。阴茎尿道海绵体转流术（用以治疗阴茎持续勃起），通常形成暂时性瘘而致阳痿。
阴茎假体植入术虽然能够使阳痿患者成功地进行性交，然而一旦取出假体，原有的勃起障碍会更加严重，甚至会失去自发勃起的能力，这可能是由于安放假体前，海绵体扩张及假体长期的理化作用，造成海绵体的损害和纤维化所致。如伴有感染，则海绵体的病变将会加重。
精索静脉曲张手术所致睾丸萎缩
睾丸的血液供应除精索内动脉外，还有输精管动脉和提睾肌动脉供给，切断精索内动脉一般不致引起睾丸缺血和萎缩。但当其他动脉代偿不全，加之对侧睾丸功能减退症时，损伤精索内动脉可引起静脉曲张侧睾丸萎缩。因此，在精索静脉曲张手术时剪开精索筋膜后，在不刺激情况下首先辨认位于精索后部的精索内动脉，以免刺激引起动脉痉挛变细，造成识别困难，精索内动脉细、壁厚、色白和可见跳动，触之较硬并有搏动，痉挛时可局部解除痉挛。确定精索内动脉后，先将其与静脉分离，保护，再游离精索内静脉，则可防止损伤动脉。
尿道手术
后尿道狭窄或闭锁的开放手术，无论是直接吻合法、套入法或“皮片”技术都可能造成游离尿道时或切除瘢痕时血管神经束或海绵体组织损伤，从而导致勃起障碍。
外括约肌切断术用于一部分截瘫患者排尿困难的治疗，括约肌两侧切断术后阳痿，这与外括约肌外侧的海绵体神经受损有关，而改作腹侧或背侧切断则可避免。
前列腺手术
良性前列腺增生症手术后阳痿的发生率与手术方法有关：经会阴前列腺切除术高达29%；耻骨上前列腺摘除术达16%；经尿道前列腺电切术达4.5%。前列腺术后阳痿不仅取决于外科手术人员的技术水平，除病理因素、患者的年龄和其配偶的因素外，还可能是前列腺神经结构损伤造成静脉瘘的结果。
经尿道前列腺切除术（TURP）后并发阳痿主要源于心理性和器质性两方面原因。TURP术后主诉勃起障碍患者的15.6%并无血管损害，海绵体神经在相当于前列腺尖部的前列腺包膜时钟5点和7点处经过，因而可认为TURP术后阳痿源于电切至前列腺尖部包膜时神经结构受到医源性热损害。
膀胱手术
膀胱颈手术不慎影响交感神经传导引起逆行射精，经典的肾上腺能兴奋剂和抗胆碱能药（溴苄吡啶）能改善这一症状。根治性膀胱切除或全膀胱切除术后阳痿发生率由于采用神经保护技术而明显下降，根治术后丧失性功能的患者大多阴茎血压显著降低，推测可能存在动脉受损，因此强调保护神经的同时还要保护血管。
腹膜后淋巴结清扫术
据报道双侧腹膜后淋巴结清扫术后70%～100%有射精困难，其主要原因是扫除了节后交感神经纤维；而改良的单侧手术可使50%～80%患者的射精功能得到保护，术中电刺激诱发射精有助于辨认交感神经纤维，以便保护。
肾移植
Gittes和Waters报道行第二次肾移植术后，大约1/3的患者发生永久性勃起障碍，可能与髂内动脉结扎和后腹膜广泛游离有关。而慢性肾衰竭患者接受肾移植术后一段时间内勃起障碍可能与大量应用抗排斥反应和抗高血压药物有关，但70%～80%的患者能恢复。行肾移植的慢性肾衰者，如术后肾功能维持3年以上，其性功能大都能恢复到发病前的水平。为了不减少术后阴茎的供血，有人主张移植肾动脉与髂内动脉作端侧吻合。此外，肾移植后大量使用抗排斥反应药物常导致器官功能损害，需要克服目前的抗排斥药物滥用现象。
内分泌腺手术
手术、化疗和放疗可造成卵巢、睾丸、甲状腺和肾上腺功能减退症，或引起下丘脑-垂体轴的破坏，从而导致男性勃起功能障碍和女性闭经，如有相应腺体激素的减少应作相应补充或替代治疗。
