线粒体的脂肪酸β-氧化在产生能量过程中起了重要作用。脂肪酸β-氧化的途径十分复杂,需经过细胞摄取脂肪酸、活化和酯化等作用,一般要经过线粒体穿膜、再酯化、线粒体内β-氧化、电子生成与转运以及乙酰辅酶A在肝脏内形成酮体等20多个步骤。

人类有9种功能蛋白与遗传性线粒体脂肪酸氧化直接相关,参与的生物酶包括胞膜肉碱(carnitine)转运酶、肉碱棕榈酰转移酶Ⅰ和Ⅱ(CPTⅠ,CPTⅡ)、长链酰基辅酶A脱氢酶(long-chain acyl-CoA dehydrogenases,LCAD)、中链酰基辅酶A脱氢酶(medium-chain acyl-CoA dehydrogenases,MCAD)和短链酰基辅酶A脱氢酶(short-chain acyl-CoA dehydrogenases),SCAD)、2,4-二烯酰-辅酶A还原酶(2,4-Dienoyl-CoA reductase)和长链3-羟酰基辅酶A脱氢酶(long-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase,LCHAD)等。如果这些酶蛋白的基因异常,即可引起脂肪酸氧化酶缺陷(fatty acid oxidase deficiency)综合征。

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