系统性淀粉样变目前无根治方法，可根据不同类型采取不同的治疗方法。
多种药物联合治疗
AL型淀粉样变经典的治疗方法为联合应用美法仑（melphalan，左旋苯丙酸氮芥）和泼尼松。前者剂量为10mg/ （m2·d）；后者剂量为2mg/（kg·d），连服4天，每4～6周重复1次，持续1年。也可用多种抗癌药物联合化疗。Gertz等随机用美法仑、泼尼松联合和多种烷化制剂和泼尼松联合治疗（包括长春新碱、carmustine、美法仑、环磷酰胺和泼尼松）进行了前瞻性治疗观察，结果表明后种方法在反应率和存活时间方面并不优于前种方法。该学者同时试用大剂量的地塞米松治疗了25例未曾治疗过的AL型淀粉样变患者，也未能延长患者的生存期。
其他常用的药物有：
- 亚硫酸：可使TTR四聚体与二聚体的比值减少，对延迟TTR淀粉样变发生或延缓病情进展有效，必须长期服用，其副作用和安全性尚未确定。
- 3价铬离子：体外试验证明，可增加正常和突变TTR蛋白的稳定性，抑制四聚体形成，从而抑制TTR淀粉样变，但只有在pH值低的情况下才起作用。体内难以达到这种条件，故难以用于临床。
- 非甾体类消炎药：包括orthotrifluoromethy1-phenyl anthranilic acid和N-（metatron methylphenyl）phenoxazine，具有很强的特异性抑制TTR蛋白纤维形成的作用，尚需进行长期疗效及安全性观察。
- 刚果红衍生物［trans-bromo-2，5-bis-（3-hydroxycarbonyl-4-hydroxy）sty/benzene，BSB］：体外试验可抑制TTR淀粉样蛋白沉着，还需临床试验证实。
- 纯化人的正常TTR：将正常TTR注射给患家族性淀粉样蛋白变性的多发性神经病患者，可使变异性TTR明显减少，但维持时间短，注射1周后变异性TTR产量又恢复到注射前水平。
- thalidomide、bortezomib 和lenalidomide：初步的观察结果表明，这些药物对系统性免疫球蛋白轻链型淀粉样蛋白变性（systemic immunoglobulin light-chain amyloidosis）有效。
改进透析技术处理透析相关性淀粉样蛋白变性
与透析相关的淀粉样蛋白变性可通过改进透析膜和改用高纯度的透析液而使病情得到改善，高流出血透机比低流出血透机清除β2微球蛋白及高分子量毒物的效果好。
肝肾移植和骨髓移植
骨髓移植可与大剂量化疗联合应用（即用大剂量化疗消除患者骨髓成分，再作干细胞移植）。目前只试用于少数患者，尚未见成功的经验。这些治疗死亡率很高，患者常死于胃肠道出血和穿孔、心脏停搏和肾衰竭。选择作移植的患者最好是只有单个重要器官受累，年龄小于55岁且无肾功能不全。
Fush等对1例68岁由TTR衍生而来的老年性淀粉样变患者作了心脏移植，术后随访第1年，心脏无淀粉样蛋白沉着；随访第2年，患者身体和智力均健康良好。Herlenins等认为肝移植可消除变异性TTR的来源。1995年起开始对TTR淀粉样变患者进行原位肝移植观察（FAPWTR），共16个国家54个中心，在近10年有539例患者作了原位肝移植，患者术后5年存活率为77%，与因其他慢性病做肝移植的结果相似，死亡主要原因与心脏相关，占39%，从这一结果来看，肝移植对TTR淀粉样变是一种最有效的治疗方法。
自体造血干细胞移植可能有效，但尚未得到充分验证。
