磁共振检查在男科影像学检查中应用较CT更加广泛。由于其对生殖系统相对安全，不存在X线直接照射性腺的问题，并且骨盆内的器官组织较腹部固定，受呼吸和肠蠕动的影响较小，故扫描效果优于腹部。
MR的检查方法除阴囊、睾丸用表面线圈做检查外，盆腔检查使用体表线圈，作矢状、冠状和轴位扫描。
前列腺
1. 前列腺正常表现：冠状和矢状位观察前列腺与膀胱底的关系，横切位观察前列腺的内部结构，尤其在T2加权像上，因中心区有横纹肌存在，故其信号强度低于边缘区，前列腺与精囊间有脂肪组织存在，故可分辨其间的解剖关系。
2. 前列腺炎和前列腺增生：前列腺炎时MR见前列腺增大，T1加权像上其信号强度稍低于肌肉组织，T2加权像上其信号强度增高但低于脂肪信号强度，且信号强度不均匀，故使中心区、移行区和周围区分界不清。前列腺增生时也见前列腺增大，T1加权像上等于或稍高肌肉组织的信号强度，T2加权像上见移行区扩大，信号强度增高，接近脂肪，其信号强度也欠均匀。
3. 前列腺癌：系老年人常见恶性肿瘤之一。MR对其诊断有重要帮助。早期癌肿多发生于前列腺周围区，在T1加权像上正常高信号强度的周围区出现肿瘤的低强度信号区；进展期前列腺不规则增大，强度信号不均匀，中间和移行区在T2加权像上见高强度信号区，而周围区出现低强度信号区；晚期可见到肿瘤向前列腺包膜外侵犯周围组织，如精囊、膀胱、直肠、腹部及盆腔部淋巴结的转移。
精囊
精囊正常表现：横切位上易于观察，表现为中等信号强度，周围为高信号强度的脂肪组织。
精囊炎：两侧精囊体积增大；精囊内出血表现为SE T1WI呈斑片状或斑点状高信号，此高信号影于Flash 2D水激励T1WI序列显示更清晰，低信号精囊管道壁因高信号出血衬托而得以显示，精囊内出血表现于TSE T2WI呈较低信号，低信号精囊管道壁被较低信号出血影掩盖而显示不清。因而，MRI能对血精性精囊炎做出明确诊断，是血精性精囊炎最可靠的影像学检查方法。
阴囊和睾丸
阴囊和睾丸正常表现：在冠状和横切位上显示对称结构，在横切位上可见输精管通过前腹壁进入阴囊，与输精管伴随有精囊动、静脉，通常表现为信号流空影像，此点可用于鉴别其与输精管的关系。在T1加权像上睾丸的信号强度低于肌肉的信号强度，在T2加权像上其信号强度增高，超过脂肪。输精管、睾丸鞘膜、睾丸韧带等在T1、T2加权像上均呈低信号。
睾丸下降不良：睾丸下降发生在胚胎8个月到出生后数周内，如睾丸停留在下降的行程管内或腹内时，称下降不良。睾丸可萎缩、缺如或异位等。MR为发现隐睾的最好方法。隐睾最常见位置为内侧腹股沟管内，表现为睾丸萎缩变小，在T2加权像上信号强度低于正常睾丸。如在腹股沟处未见睾丸存在，检查应包括腹壁、腹膜、股三角、阴茎根部等位置，以便发现异位睾丸。
鞘膜积液：MR见睾丸鞘膜内在T1加权像上有低于睾丸信号强度的液体存在，T2加权像上信号强度明显增高，积液周围为鞘膜包绕，而鞘腹在T1或T2加权像上均为低强度信号，故可利用鞘膜来定位内外异常。
附睾炎：分局限性和弥漫性两种。MR见附睾增大，在T1加权像上其信号强度明显低于正常附睾，T2加权像上信号强度增高且不均匀。
睾丸肿瘤：睾丸癌典型的MR表现为睾丸肿块。在T1加权像上，肿瘤的信号强度稍高于正常，T2加权像上信号强度低于正常且不均匀。如肿瘤有包膜，则可见低信号强度的条状包膜存在，如鞘膜消失则证明肿瘤侵犯了周围组织，同时可发现腹膜后等处淋巴结增大。恶性纤维组织细胞瘤表现为睾丸增大，T1像上信号强度明显高于正常，T2像上信号强度低于正常且不均匀。
